¿Qué les tienes puesto de sustrato? Puedes ponerles una parte lisa, como una bandeja, e irán automáticamente allí a hacer sus cosas, sobre todo orinar. Si lo limpias a menudo, por ejemplo una vez al día, evitarías en parte ese comportamiento. También una vez al día ponles un rato arena de chinchilla, con eso deberían quedar limpitos y no olerían mal.
Para la fruta/verdura, si son tan cochinotes, pónsela en un comedero. La acabarán sacando, pero en parte te ahorras un poco lo de que manchen mucho el sustrato.
Yo no recomiendo que los bañes -con agua-. Ellos tienen una capa protectora que les quitarías con el lavado. Además, no solucionarías el problema, porque si dices que se restriegan en sus cosas los seguirían haciendo, y no veo razonable bañarlos todos los días.